Primer contratiempo
O rei Carlos III e don Juan José de Austria ante os restos de Sor María de Jesus
El 11 de julio de 1666 el definitorio de Burgos decidía incoar dicho proceso. Nombrado postulador el P. Martín de Sobejano, el mismo año se publica el Cuestionario al cual se habían de ajustar las preguntas del proceso. El 12 de noviembre de 1668, se formaba la comisión teológica encargada de examinar el contenido de la Mística Ciudad de Dios con vista a su publicación. Pero ya el 8 de marzo del año anterior el Postulador había presentado ante el Prelado de Tarazona la solicitud para la apertura del Proceso. A los tres días Mons. Miguel Escartín formaba el correspondiente tribunal. Al cabo de dos años de intensos trabajos el 23 de septiembre de 1669 se cerraba el proceso en Tarazona y las actas eran enviadas a Roma. En 1670 se publicaba la Mística Ciudad de Dios, sin que pudiera ponerse a la venta por embargo de la edición impuesta por la Inquisición de Madrid. El 21 de noviembre de 1671 Clemente X aprobaba los procesos de Tarazona. Al año siguiente daba su consentimiento para el inicio de los mismos en Roma. Bajo Inocencio XI corrieron con rapidez los trámites. El 16 de enero de 1677 se ordenó en Roma el examen de los escritos. El 2 de febrero el mismo Papa dispuso la apertura de los procesos apostólicos in specie. Mas delatada la Mística Ciudad de Dios a la Inquisición Romana, el 26 de junio de 1681 el Santo Oficio aprobaba una censura contraria al libro de la M. Ágreda y el 4 de agosto del mismo año se incluía en el Índice de libros prohibidos la obra censurada por el Santo Oficio. Por mandato del Papa Bt. Inocencio XI el decreto de condenación era sobreseído el 9 de noviembre del mismo año. Mas el incidente tuvo una influencia tan negativa sobre la Causa, que desde entonces se ha visto constantemente entorpecida hasta su definitivo cierre con el decreto de silencio de Clemente XIV.
